生理病害
    棚內長期大水漫灌，導致深層土壤中可溶性鹽堿隨水蔓延到地表，并且大量化學肥料的使用更加劇了鹽堿化的產生，往往造成種植不久，棚內幼苗就開始死棵爛苗，這種死苗往往不是由病菌直接引起，更多的是漚根死苗。
     成株以后最容易辨別，例如貼近地面的地上莖開始長小疙瘩，滋生氣生根，往往是由于土壤鹽堿過重，不適合根系生長與呼吸造成的。扒開土壤，露出根系，相信絕大部分進過大棚的人都知道，拳頭大小的根系支撐著一人多高的植株。
    建議：小水勤澆、少澆，以水流貼地皮走為宜，若是已經成株，減少沖施肥的使用，增加葉面施肥的用量，可大大改觀作物生長狀況。
    還有就是土壤問題，這個就不光是鹽堿化的問題，更多的是一些不當?shù)霓r事操作對土壤的破壞，其中最嚴重的就是燜棚。用什么燜棚呢？棉隆、氯化苦、溴甲烷等等，全都是不分青紅皂白，真菌、細菌、蟲子、種子一概滅殺那種，燜完棚再人為補充菌肥菌劑之類的，這樣會破壞大棚內的生態(tài)微環(huán)境。所以燜棚有風險，使用需謹慎！��！
     侵染病害
    這個問題在冬季大棚里面，經常聽農民提到，隔幾天就得打一遍藥，也沒有串棚啥的，就是打了又上來，反反復復，直到都有抗性了，還是治不好。這不能怪農民操作不好，確實很多理論上的情況是他們考慮不到的，這也是造成病害屢治不絕的病因，這類病害基本都是真菌病害為主，其他病害較少。
     其實原因也非常簡單，打藥確實打得非常仔細，噴得非常透徹，但是有一些地方忽略了，這些地方就是塑料棚膜覆蓋的地方，即棚壁與棚頂。這些地方幾乎一直殘留有很多水珠，病菌孢子就有很多隱藏在里面，等到水分越積越多，就隨著水珠掉落下去一部分，成為二次侵染的侵染源。
    建議：不是特別贊同使用煙劑，一來危險性比較大，二來造成棚內溫度升高，氧氣減少，植株生長不良。
     可以在噴藥之前，使用家用帶桿的，擦玻璃窗戶用的那種工具，蘸藥液擦拭整個塑料薄膜內壁，連擦兩遍，不留死角，然后再噴霧，基本可以保證這一茬作物不再受同種病害侵染，前提是不從外部再弄進去新的菌源孢子之類的。